통합고용세액공제 ③ 인원 한도·임원·합병, 심판원은 어떻게 봤나

3줄 요약

• 통합고용세액공제의 전신인 고용증대세액공제에서 청년 증가 인원을 전체 증가 인원으로 제한하는 한도 문구는 2020년 1월 1일 이후 시작한 과세연도부터 적용한다고 본 결정이 이어졌어요. 다만 2019년 이전 증가분이라도 2020년 이후 추가 공제에는 한도를 적용했어요.
• 등기된 지배인이 지점 업무를 총괄하면 임원으로 보아 인원에서 뺐고, 근로계약서를 확인할 수 없으면 원천징수·보험 자료가 있어도 공제를 인정하지 않은 사례가 있어요.
• 합병으로 근로자가 합병법인에 넘어간 경우 피합병법인의 인원 감소를 추가 납부 사유로 보지 않은 결정이 2025년 12월에 나왔어요.

들어가며

①②편에서 본 요건 가운데 실제로 다툼이 많은 곳은 세 군데예요. 늘어난 인원을 어떻게 세느냐(전체 증가 인원 한도), 누구를 상시근로자로 넣느냐(임원·근로계약서), 인원이 줄었을 때 무엇을 감소로 보느냐(합병)예요.

이 편의 사례는 모두 전신 제도인 고용증대세액공제(조특법 §29의7)를 두고 나온 조세심판원 결정이에요. 한도 문구, 상시근로자 범위, 합병 때의 인원 계산 방식은 지금의 통합고용세액공제(§29의8)와 시행령에도 같은 틀로 남아 있어서, 2026년 이후 신고와 경정청구에도 같은 쟁점이 이어질 수 있어요. 결정 당시 조문과 현행 조문이 다른 부분은 쟁점마다 함께 적었어요. 결정은 이 사건들에 대한 판단이고, 사실관계가 다르면 결론도 달라질 수 있어요.

전체 증가 인원 한도, 상시근로자 판정, 합병 시 인원 감소 세 쟁점에 대해 과세관청 판단과 납세자 주장, 조세심판원 결론을 나란히 비교한 카드

쟁점 1: 청년이 늘어도 전체 인원이 안 늘면

요건 조문. 지금의 통합고용세액공제는 청년등 증가 인원과 그 밖의 증가 인원 모두 "전체 상시근로자의 증가 인원 수를 한도로 한다"고 적고 있어요^[1]. 전신인 고용증대세액공제에는 이 문구가 2019년 12월 31일 개정(법률 제16835호)으로 들어갔고, 그 법 부칙은 소득세·법인세 개정규정을 "이 법 시행 이후 개시하는 과세연도분부터" 적용한다는 일반 적용례만 두었어요^[2][3].

과세관청 판단. 청년 증가 인원과 그 밖의 근로자 증감을 통산해 전체 증가 인원을 한도로 계산하는 것이 맞다고 보고, 2018·2019년분 경정청구를 거부했어요^[3].

납세자 주장. 2018·2019년 당시 조문에는 한도 문구가 없었으니 청년 증가 인원 전부에 공제를 적용해야 한다고 주장했어요^[3].

결정 요지. 조세심판원은 2023년 5월 결정에서 한도 규정은 2020년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도분부터 적용되고, 납세자에게 불리하게 바뀐 규정을 2019년 이전 귀속분에 적용하면 소급과세금지 원칙을 위배할 소지가 있다며 경정청구 거부처분을 취소했어요^[3]. 같은 해 7월 법인 사건에서도 같은 이유로 2019사업연도 거부처분을 취소했어요^[4].

2020년 이후 추가 공제는 달랐어요. 2018·2019년에 늘어난 인원으로 2020년 이후 2차·3차 연도 공제를 받는 부분을 두고, 조세심판원은 2025년 2월 결정에서 2018·2019사업연도의 증가 인원을 셀 때는 한도를 빼되, 2020사업연도 이후 추가 공제분에는 개정 법률에 따른 한도를 적용한 처분이 잘못이 없다고 봤어요. 근거 가운데 하나로 2020년 3월 개정된 시행규칙 공제세액계산서 작성방법에 2차·3차 연도 공제액은 전체 상시근로자 증가분을 한도로 한다고 적힌 점을 들었어요^[5]. 2025년 3월 다른 법인 사건도 2018·2019사업연도 부분만 경정하고 나머지는 기각했어요^[6].

읽을 때 기준. 2026년 이후 과세연도는 조문에 한도가 적혀 있어서 이 다툼의 여지가 없어요. 청년을 5명 뽑아도 다른 근로자가 4명 줄면 청년 우대 금액을 받는 인원은 1명이에요. 새 구조는 직전·전전·전전전 과세연도와 비교할 때마다 한도를 적용하므로, 인원 구성이 바뀐 해에는 비교마다 한도를 따로 계산해야 해요^[1].

쟁점 2: 상시근로자에 넣을 수 있는 사람

요건 조문. 상시근로자는 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자이고, 법인세법 시행령 제40조제1항의 임원은 빠져요. 이 틀은 결정 당시 조문(시행령 §23⑩)과 지금 조문(시행령 §26의8②)이 같아요^[7][8].

사례 A: 등기된 지배인은 임원인가

과세관청 판단. 조합이 제출한 임원 명단에 간부직원이 들어 있고, 직제규정상 본점 상무와 지점장으로서 상급자의 명을 받아 지사무소 업무를 관장하는 등 이사에 준하는 직무를 한다며, 경정청구 때 이들을 증가 인원에서 뺐어요^[9].

납세자 주장. 간부직원은 이사회 표결권이 없고, 일반 직원과 같은 보수·복무 규정을 적용받고, 근로소득세 원천징수와 고용보험·퇴직연금 가입이 된 근로기준법상 근로자라고 주장했어요. 지배인 등기는 상법상 지위일 뿐이라는 거예요^[9].

결정 요지. 조세심판원은 2025년 6월 이 간부직원들이 지배인으로 등재돼 직제에 따라 지점 등의 경영·업무를 총괄하는 것으로 보여 고용증대세액공제가 배제되는 임원으로 보인다며 청구를 기각했어요^[9].

사례 B: 근로계약서가 없으면

과세관청 판단. 근로계약서에 날인·주소·날짜가 빠져 있고, 보정 요구에 일괄 날인한 계약서를 다시 내 신뢰할 수 없다며 경정청구를 거부했어요^[10].

납세자 주장. 계약서 원본은 사업장 건물 철거 때 없어졌고, 근로자 고용현황·보수총액 신고·근로소득원천징수부·4대보험 가입 내역으로 상시근로자 여부를 확인할 수 있다고 주장했어요. 계약기간은 1년 이상이지만 실제 근무가 1년 미만인 근로자도 넣어 다시 계산해야 한다고 했어요^[10].

결정 요지. 조세심판원은 2025년 3월 감액 경정청구에서는 납세자가 객관적 자료로 증명해야 하고, 상시근로자 요건(근로계약 체결, 계약기간 1년 이상, 근로시간 등)을 확인하려면 근로계약서가 필수적으로 보인다며, 제출 자료만으로는 요건 충족을 확인하기 충분하지 않다고 보고 기각했어요^[10].

읽을 때 기준. 두 사례 모두 경정청구 사건이에요. 신고 때 공제를 빠뜨리고 나중에 찾는 경우일수록 사람별 근로계약서와 직위 자료가 먼저 확인돼요. 사례 B의 결정 당시 시행령은 '근로계약기간 1년 미만'을 제외 기준으로 삼았는데, 2026년 시행 시행령은 '근로기간 1년 미만'으로 바꿨어요^[7][8][11]. 계약서에 적힌 기간보다 실제 근무 기간을 보는 쪽으로 기준이 옮겨 간 만큼, 입사·퇴사일을 보여 주는 자료의 비중이 커질 것으로 보여요.

쟁점 3: 합병으로 근로자가 넘어가면 인원이 준 것인가

요건 조문. 고용증대세액공제는 공제받은 뒤 일정 기간 안에 전체 인원이 줄면 공제받은 세액을 납부하게 했어요(2019년 시행 조문 기준 2년)^[12]. 합병·분할처럼 근로자를 승계시키거나 승계한 경우에는 직전·해당 과세연도 인원을 조정해 계산하는 시행령 규정(§23⑬)을 준용했고, 지금의 통합고용세액공제 시행령도 같은 규정을 준용해요^[8][13].

과세관청 판단. 시행령과 기획재정부 해석(조세특례제도과-30, 2024.1.15)을 근거로, 합병으로 소멸한 피합병법인의 인원은 0으로 보아야 하므로 공제받은 세액 전액이 추가 납부 대상이라고 보고 경정청구를 거부했어요^[13].

납세자 주장. 합병으로 고용관계가 그대로 합병법인에 승계돼 해고 같은 고용 감소가 없었고, 적격합병으로서 근속기간도 이어서 인정하고 있으니 추가 납부 사유가 아니라고 주장했어요^[13].

결정 요지. 조세심판원은 2025년 12월, 합병 때 인원 조정 규정은 합병법인과 피합병법인의 인원이 변동 없이 맞도록 계산 방식을 정해 실제 고용이 감소된 부분에 대해서만 공제세액을 납부하게 하려는 것으로 보이고, 고용관계가 승계된 점에 다툼이 없다며, 승계시킨 근로자에 대해서는 추가 납부 사유가 발생하지 않은 것으로 보아 세액을 경정하라고 결정했어요^[13].

읽을 때 기준. 2026년 이후 증가분은 추징 자체가 없어졌지만, 2024·2025년 증가분은 종전 규정의 추가 납부가 남아 있어요^[14]. 이 기간에 합병·분할을 하면 이 결정의 논리가 다시 쓰일 수 있어요. 새 구조에서도 합병 연도의 인원 조정은 B·C 계산에 그대로 영향을 줘요.

사후관리에서 자주 틀리는 것

유형	근거 조문	결과
2026년 이후 늘린 인원이 다음 해 감소	§29의8①(2026년 시행)	추징 없음. 이후 연도 A·B·C가 줄어듦
2024·2025년 증가분, 2년 안에 전체 인원 감소	부칙 제34조, 종전 §29의8②	그해부터 공제 중단, 공제세액 상당액 납부
2024·2025년 증가분, 청년등 인원만 감소	종전 §29의8②	청년 우대분 공제 중단, 해당 세액 납부
육아휴직 복귀자·정규직 전환자와 2년 안에 근로관계 종료	§29의8⑦	공제세액 상당액 납부
합병으로 근로자 승계	시행령 §26의8⑧·§23⑬ 준용	승계 인원을 감소로 보지 않은 결정(조심 2025서1531)
중소기업이 아닌데 최소 인원 이하 증가	§29의8① 단서, 시행령 §26의8③	공제 없음

근거: ^{[1][14][15][8][13]}

시리즈 정리

편	질문	답
①	무엇이 바뀌었나	2026년 과세연도부터 연차별 금액(A·B·C) 구조, 추징 폐지, 비중소기업 최소 인원. 2026 정부안은 대기업 제외(국회 심사 중)
②	어떻게 계산하나	사람별 근무개월 수 ÷ 12의 합으로 인원을 세고, 직전·전전·전전전 과세연도와 비교
②	언제 신고하나	12월 결산 법인은 2027년 3월 법인세, 개인사업자는 2027년 5월 종합소득세
③	청년만 늘면	전체 증가 인원이 한도(2020년 이후 과세연도분부터 적용)
③	누가 인원에서 빠지나	임원(등기 지배인이 업무 총괄 시 포함), 근로계약서로 확인 안 되는 사람
③	합병하면	승계된 근로자는 감소로 보지 않은 결정

이 글은 공개된 법령과 정부 자료, 조세심판원 결정을 바탕으로 제도를 설명하는 글이며, 개별 사안에 대한 세무 자문이 아니에요.

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출처

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1. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법」(2026.9.18 시행) 제29조의8제1항, www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=284389 (A)
2. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법」(법률 제16835호, 2020.1.1 시행) 제29조의7제1항, www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=212779 (A)
3. 조세심판원, 조심 2023부0443, 2023.5.17 결정(주문: 취소), www.law.go.kr/LSW/specialDeccInfoP.do?special… (A)
4. 조세심판원, 조심 2023부6839, 2023.7.21 결정(주문: 취소), www.law.go.kr/LSW/specialDeccInfoP.do?special… (A)
5. 조세심판원, 조심 2024중4811, 2025.2.6 결정(주문: 일부 경정, 나머지 기각), www.law.go.kr/LSW/specialDeccInfoP.do?special… (A)
6. 조세심판원, 조심 2024중3785, 2025.3.25 결정(주문: 일부 경정, 나머지 기각), www.law.go.kr/LSW/specialDeccInfoP.do?special… (A)
7. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법 시행령」(2025.1.1 시행) 제26조의8제2항(제23조제10항 준용), www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=267757 (A)
8. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제36342호, 2026.5.22 시행) 제26조의8제2항·제8항, www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=286209 (A)
9. 조세심판원, 조심 2025전1856, 2025.6.19 결정(주문: 기각), www.law.go.kr/LSW/specialDeccInfoP.do?special… (A)
10. 조세심판원, 조심 2024서5382, 2025.3.20 결정(주문: 기각), www.law.go.kr/LSW/specialDeccInfoP.do?special… (A)
11. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법 시행령」(대통령령 제35999호, 2026.1.1 시행) 제개정이유 주요내용 가, www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=282427 (A)
12. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법」(2019.1.1 시행) 제29조의7제2항, www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=205929 (A)
13. 조세심판원, 조심 2025서1531, 2025.12.1 결정(주문: 경정), www.law.go.kr/LSW/specialDeccInfoP.do?special… (A)
14. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법」(법률 제21223호, 2026.1.1 시행) 부칙 제34조, www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=280409 (A)
15. 국가법령정보센터, 「조세특례제한법」(2026.9.18 시행) 제29조의8제7항, www.law.go.kr/LSW/lsInfoP.do?lsiSeq=284389 (A)